Ausgehend von Irland setzte im 6. Jahrhundert durch iroschottische Mönche auch im Raume nördlich der Alpen eine Missionierungswelle ein. Langsam wandelten sich heidnische Fest in christliche, wurde heidnischen Bräuchen christlicher Sinn gegeben. 741 holte der bayer. Herzog Odilo Mönche ins Land, die von Niederalteich aus tief in den Wald zogen, rodeten und das Kreuz errichteten. Sie werden es auch gewesen sein, die dem Christentum bei uns den Weg bereiteten.
Als die Mönche des Hl. Norbert in Windberg einzogen, war Hunderdorf bereits ein eigenständiger Seelsorgebereich. Hunderdorf, als Gründung des Klosters Niederalteich, ist wahrscheinlich von dort seelsorglich betreut worden und hatte möglicherweise schon eine Holzkirche. Die Kirchenpatrone St. Nikolaus und St. Stephanus weisen nämlich auf ein hohes Alter der Pfarrkirche hin, wohl schon ins 12. Jahrhundert. Der erste nachweisbare Kirchenbau stammt aus dem Jahre 1359.
Der bis in die dreißiger Jahre unseres Jahrhunderts hinein stehen gebliebene Turm mit dem gotischen Treppengiebel stammte noch von diesem Kirchenbau. Leider wurde mit dem Bau der neuen Kirche (1936) dieser abgerissen und damit verschwand das bedeutendste gotische Bauwerk der Pfarrei.
Nach dem Diözesanregister hat Hunderdorf bereits 1438 einen Pfarrer und einen Pleban, dazu einen Benefiziaten in Steinburg.
1616 erhält das Kloster Windberg im Tausch gegen die Pfarrei Viechtach die bis dahin selbständige Pfarrei Hunderdorf samt der Filiale Neukirchen. Neukirchen war Filiale von Hunderdorf, Pürgl war der Pfarrei zehentpflichtig, Steinburg, das Schlossbenefizium, gehörte ebenfalls Hunderdorf.
Aus dem Jahre 1612 datiert das erste Taufbuch der Pfarrei Hunderdorf, aus dem Jahre 1653 stammt die älteste Glocke, die heute noch als Sterbeglocke dient und im Glockenturm der neuen Kirche hängt.
Wegen Baufälligkeit wird 1698 die Kirche abgebrochen. Der aus dem Jahre 1359 stammende gotische Turm wird renoviert und ein barockes Kirchenschiff angebaut. Bereits am 17.10.1700 wurde die neue Kirche von Abt Franz Knod geweiht.
Die Kapelle in Hofdorf war ab der Säkularisation Nebenkirche von Hunderdorf und hatte früher einen eigenen Friedhof. Die Kapelle St. Georg in Gaishausen gehörte ebenfalls zur Pfarrei Hunderdorf. Nach der Neueinteilung des Landes, nach der Säkularisation, verblieben der Pfarrei Hunderdorf die Gemeinden Neukirchen, Gaishausen, Steinburg und Au vorm Wald. Heute gehören zur Pfarrei Hunderdorf außer der Pfarrkirche noch die Nebenkirchen in Hofdorf, die beiden Schlosskapellen in Au und Steinburg sowie die Kapellen in Sollach und Rammersberg.
Pfarrer Peter Blaim betreute bis 1817 die selbständige Pfarrei Hunderdorf. 1835 wurde anstelle des hölzernen Pfarrhofes ein Ziegelbau errichtet, der im Jahre 1963 unter Pfarrer Ruß renoviert und modernisiert wurde. 1866 wurde Hunderdorf königliche Pfarrei. Segensreich wirkte Pfarrer Josef Luschner von 1843 bis 1870, der bei seinem Tode die Luschner`sche Stiftung hinterließ, deren Zweck es war, dass arme Schulkinder in der Mittagspause eine Schulsuppe bekamen.
1900 wurde der spätgotische Turm erhöht und ein schmiedeeisernes Kreuz aufgelegt. 1907 trug sich Pfarrer Gruber mit dem Gedanken, die Kirche zu erweitern und Seitenschiffe anzubauen. Das Gesuch wurde von der Abgeordnetenkammer jedoch abgelehnt.
Im Jahre 1931 war es dann Pfarrer Friedrich Betthausen, der dann ernstlich an einen Kirchenbau ging. Er gründete den Kirchenbauverein und schon am Josefstag 1935 konnte der erste Spatenstich gemacht werden. Die ganze Gemeinde beteiligte sich an den Hand- und Spanndiensten. Da wurde am 3. Oktober 1935 Pfarrer Betthausen vom Tode ereilt. Sein Nachfolger, Pfarrer Kiermaier, setzte das Werk unverzüglich fort und am Peter und Paulstag 1936 konnte die Weihe der Kirche durch Bischof Buchberger vorgenommen werden. Unermüdlich war Pfarrer Kiermaier in seiner Pfarrei tätig. 1950 wurde das Leichenhaus angelegt, 1959 der Kindergarten gegründet und 1961 der neue Friedhof geschaffen. 1962 verschied Geistlicher Rat Kiermaier.
Auch sein Nachfolger, Geistlicher Rat Georg Ruß, widmete sich nach Kräften dem Ausbau des Pfarrzentrums. Neben der inneren und äußeren Renovierung des Gotteshauses verdankt ihm die Gemeinde auch den Bau der neuen Leichenhalle. Ein besonderes Anliegen war ihm der Ausbau des ehemaligen Pfarrstadels zum Jugendheim St. Wolfgang im Jahre 1966.
Kirche, Jugendheim und Pfarrhof sowie die unmittelbare Nähe der neuen Verbandsschule und des neuen Rathauses bilden heute den geistig-kulturellen Mittelpunkt der Gemeinde.
Weltpriester seit 1801
Sabinus Peter Blaim 1801 – 1818
Theodor Lehr 1818 – 1834
Franz Xaver Maßl 1835 – 1843
Josef Luschner 1843 – 1870
Joh. Nep. Zeindl 1870 – 1894
Wolfgang Gruber 1895 – 1915
Leonhard Hirtl 1915 – 1920
Michael Gebhard 1920 – 1931
Friedrich Betthausen 1931 – 1935
Joh. Bapt. Kiermaier 1936 – 1962
Georg Ruß 1962 – 1974
Johannes Vilsmeier 1974 – 1976
Franz X. Reitinger 1976 – 1981
Anton Högner 1981 – 1989
Herbert Gerstl 1990 – 1993
Pater Wolfgang Vos 1993 – 2005
Pater Martin Müller 2005 -
Baugeschichte des Pfarrhofes
1835/50: Bau des Pfarrhauses mit Wirtschaftsgebäuden, als Bauernhof angelegt; danach blieb das Haus weitgehend unverändert, auf der Fläche der Wirtschaftsgebäude entstand 1966 das Pfarrheim „St. Wolfgang
1962/63: Umfassende und letzte große Renovierung außen und innen. (Zeit von Pfr. Georg Ruß)
1973/74:Einbau der Ölheizung (Zeit von Pfr. Johannes Vilsmeier)
1989: Umgestaltung des ehem. Hofes als Pfarrgarten (Zeit von Pfr. Anton Högner)
1993: Gestaltung der Außenanlagen (Zeit von P. Wolfgang Vos)
2006/07: Renovierung des Hauses außen und innen, Sanierung des Daches (Zeit von Pfr. P. Martin Müller)
